SEMA adalah Senat Mahasiswa yang merupakan organyang bertugas menjalankan kegiatan yang bersifat internal dan lintas program studi untuk mewujudkan visi lembaga (1.1.1). Organisasi Mahasiswa diselenggarakan berdasarkan statuta dan peraturan perundang-undangan yang berlaku dengan berprinsip dari, oleh, dan untuk mahasiswa. Organisasi kemahasiswaan di STTII Yogyakarta dinamakan Senat Mahasiswa yang selanjutnya disebut SEMA STTII Yogyakarta yang didirikan pertama kali di Yogyakarta pada tanggal 15 Agustus 1990 sampai batas waktu yang tidak ditentukan.
| 1. | Sebagai mitra kerja institusi dalam melaksanakan kebijakan lembaga STTII Yogyakarta. |
| 2. | Menyerap dan mengakomodir aspirasi mahasiswa dan menyalurkannya pada pihak-pihak terkait. |
| 3. | Memperjuangkan hak-hak mahasiswa dalam bidang akademik, kemahasiswaan, dan pelayanan. |
| 4. | Merumuskan norma-norma dan aturan-aturan dalam pelaksanaan kegiatan kemahasiswaan yang tidak bertentangan dengan aturan yang lebih tinggi. |
| 5. | Menetapkan garis-garis besar program kerja SEMA STTII Yogyakarta. |
| 1. | Melaksanakan kegiatan kemahasiswaan. |
| 2. | Mengembangkan potensi jati diri, minat, bakat, serta softskill mahasiswa sebagai insan akademik, calon pemimpin, intelektual, teolog yang berguna bagi gereja, bangsa dan negara di masa depan. |
| 3. | MMemfasilitasi pengembangan dan pelatihan keterampilan pelayanan gereja, organisasi, manajemen dan kepemimpinan mahasiswa. |
| 4. | Pembinaan dan pengembangan pemimpin gereja yang berpotensi dalam melanjutkan kesinambungan visi 1.1.1. |
Menjadikan SEMA STTII Yogyakarta sebagai organisasi yang memiliki sinergi erat bersama kampus untuk menciptakan mahasiswa yang maju secara akademis dan non akademis secara konsisten
| 1. | Pembuatan Website SEMA STTIISebuah platform digital yang akan menyajikan berita, data mahasiswa yang bertujuan untuk mendukung kegiatan promosi kampus dan memberikan akses transparan bagi mahasiswa untuk melihat poin, data dan berita terkini. |
| 2. | Pengembangan MahasiswaMengadakan berbagai kegiatan intelektual seperti bedah buku, diskusi akademis, diskusi santai, dan seminar. Kegiatan ini akan melibatkan seluruh civitas akademika, termasuk mahasiswa S1 Reguler, Kelas Malam, S2, dan S3, serta cabang STTII lainnya. Beberapa kegiatan menarik yang akan diadakan adalah diskursus teologis dan dialog santai yang mendorong partisipasi aktif.. |
| 3. | Memfasilitasi Penelitian dan Karya IlmiahMendorong mahasiswa untuk terlibat dalam penelitian dan penulisan jurnal teologi dengan kerjasama dari LPPM. Program ini bertujuan untuk meningkatkan akreditasi kampus serta mengembangkan potensi akademik mahasiswa. |
| 4. | Membuat Badan Konseling STTII YogyakartaMenyediakan dukungan bagi mahasiswa dalam mengatasi masalah pribadi seperti stres dan kekhawatiran. Kerjasama yang dibangun dengan dosen ini akan memastikan mahasiswa mendapatkan bantuan yang mereka butuhkan unutk menjaga kesehatan mental mereka. |
| 5. | Berpartisipasi dalam Event EksternalMengajak mahasiswa STTII untuk berpartisipasi dalam berbagai event bersama kampus lain, termasuk kegiatan olahraga dan kegiatan spiritual. Hal ini bertujuan untuk membangun relasi yang lebih erat dan memperkaya pengalaman spiritual serta fisik mahasiswa. |